太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染…

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那…

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代…

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　…

　　故事讲述了因为滑翔机运动而聚集在大学体育会航空部的一群少男少女们，以航空协会为舞台上演的一出出真实又让人感动的青春热血故事。

　　在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

　　每天拼命在体内搬运氧气的新人红血球。他的职场劳动环境，却是彻底的黑暗（BLACK）——！！饮酒、吸烟、压力、睡眠不足……在如同不健康的综合商社一样的世界中，历经过重劳动的细胞们有何感想？这是你的身体的故事——

　　因自神时代以前就传承下来的【神月祭】而沸腾的　　迷宫都市 欧拉丽——　　身为【小新秀】给都市带来热闹的冒险者贝尔·克朗尼　　及其主神赫斯缇雅，正置身于这喧嚣当中。　　将夜晚的黑暗照亮，并淡淡地覆盖在各色各样的摊位和集…