十二世纪中叶，日本爆发平治之乱。平、源两大家族相互角力，最终源家落败，源义朝（加藤雅也 饰）也被乱军杀害。在此之后，义朝爱妻常盘（稻森泉 饰）及两个孩子赖朝（池松壮亮 饰）和牛若丸先后被强大的平清盛（渡哲也 饰）俘虏，并…

　　Season2では、吉宗の遺志を継ぎ若き医師たちが赤面疱瘡撲滅に向けて立ち上がったその後の物語から、幕府の人々が江戸城無血開城のために奔走した幕末・大政奉還までが初めて映像化される。